"Похоже, есть большие различия между Sun Java и Open JDK". В общем-то, эти различия - не новость. Речь идёт о том, что некоторые Java-программы написаны с использованием дополнительных возможностей версий от Oracle (Sun уже несколько лет, как куплена Oracl'ом). Если java-программа написана "честно", то проблемы несовместимости в принципе быть не может - либо jre есть в ОС, либо её нет. Здесь имеется аналогия с использованием SQL - если применяется синтаксис в рамках ANSI, то неважно, что у тебя за СУБД. А можно юзать фишки конкретных реализаций СУБД, тогда пресловутая несовместимость и всплывёт.